研究队伍
工作人员
| 刘芳（2010.7-今） 项目研究员 研究方向：真菌分类与系统进化
2023.08–至今 中国科学院微生物研究所，项目研究员 2018.11–2023.08 中国科学院微生物研究所，副研究员 2012.09–2018.11 中国科学院微生物研究所，助理研究员 2017.10–2018.03 荷兰Westerdijk真菌多样性研究中心，访问学者 2010.07–2012.08 中国科学院微生物研究所，研究实习员 教育经历 2012.02–2016.06 博士 Utrecht University 2007.09–2010.06 硕士 北京林业大学 2003.09–2007.06 学士 河北农业大学 主持科研项目： 1. 国家自然科学基金优秀青年基金，植物病原真菌分类与系统演化，NSFC32322001，200万，2024/01-2026/12，主持 2. 北京市科技新星计划，刺盘孢属的物种进化机制及快速分子检测技术研发，20230484305，40万，2023/10-2026/10，主持 3. 中国科学院战略性先导科技专项（A类），蔗田功能微生物资源库构建，176万，2023/10-2028/10，（任务）主持 4. 西藏自治区重点研发，西藏地区重要新发或外来植物病原微生物监测预警的关键技术研究，XZ202301ZY0027G，47.5万，2023/04-2026/03，（课题）主持 5. 国家重点研发计划，重大入侵生物甄别技术与现场侦测处置关键设备研制，2022YFC2601500，50万，2022/11-2025/10，（子课题）主持 6. 真菌学国家重点实验室重点自主课题，环境真菌宏基因组组装基因组技术研究，SKLMZZZD202201，50万，2022/09-2024/09，主持 7. 中国科学院战略性先导科技专项（A类），黑土地保护与利用科技创新工程（黑土粮仓），XDA28030401，43万，2021/09-2026/08，（任务）主持 8. 中国科学院青年创新促进会会员，2021085，80万，2021/01-2024/12，主持 科技基础资源调查专项课题，滩涂红树林生态系统特色微生物资源及多样性调查，2019FY100704，116万元，2020/01-2023/12，主持 9. 国家自然基金委面上项目，我国检疫性子囊菌的专著性研究，31770009，55万元，2018/01-2021/12，主持 10. 中国大洋协会国际海域资源研究开发项目前沿性课题，深海沉积物真菌资源多样性的调查研究，DY-125-22-QY-33，7.5万元，2015/04-2016/04，主持 11. 国家自然科学基金青年科学基金项目，茶树病原真菌和内生真菌的多样性及其分布规律，31400017，24万元，2015/01-2017/12，主持 代表性文章 共发表论文53篇，其中一作/通讯SCI论文19篇（含4篇科睿唯安Web of Science高被引论文），主编和参编英文专著2部，参与制定国家标准和行业标准7项，获得国家授权发明专利2项和软件著作权3项。发表真菌新属9个，新物种138个，新组合19个。 1. Li M#, Raza M#, Song S, Hou LW, Zhang ZF, Gao M, Huang JE, Liu F*, Cai L*. 2023. Application of culturomics in fungal isolation from mangrove sediments. Microbiome, https://doi.org/10.1186/s40168-023-01708-6 2. Liu F#, Ma ZY#, Hou LW, Diao YZ, Wu WP, Damm U, Song S, Cai L*. 2022. Updating species diversity of Colletotrichum, with a phylogenomic overview. Studies in Mycology, 101: 1–56. (Highly cited paper) https://doi.org/10.3114/sim.2022.101.01 3. Zhao P, Crous P, Hou LW, Duan WJ, Cai L, Ma ZY, Liu F*. 2021. Fungi of quarantine concern for China I: Dothideomycetes. Persoonia, 47: 45–105. https://doi.org/10.3767/persoonia.2021.47.02 4. Liu F, Bonthond G, Groenewald JZ, Cai L*, Crous PW*. 2019. Sporocadaceae, a family of coelomycetous fungi with appendage bearing conidia. Studies in Mycology, 92: 287–415. (Highly cited paper) https://doi.org/10.1016/j.simyco.2018.11.001 5. Jiang JR, Cai L, Liu F*. 2017. Oligotrophic fungi from a carbonate cave, with three new species of Cephalotrichum. Mycology, 8: 164–177. https://doi.org/10.1080/21501203.2017.1366370 6. Wang M#, Liu F#, Crous PW, Cai L. 2017. Phylogenetic reassessment of Nigrospora: Ubiquitous endophytes, plant and human pathogens. Persoonia, 39: 118–142. https://doi.org/10.3767/persoonia.2017.39.06 7. Liu F, Wang M, Damm U, Crous PW, Cai L*. 2016. Species boundaries in plant pathogenic fungi: a Colletotrichum case study. BMC Evolutionary Biology, 16: 81. (Highly cited paper) https://doi.org/10.1186/s12862-016-0649-5 8. Liu F, Weir B, Damm U, Crous PW, Wang Y, Liu B, Wang M, Zhang M, Cai L*. 2015. Unravelling Colletotrichum species associated with Camellia: employing ApMat and GS loci to resolve species in the C. gloeosporioides complex. Persoonia, 35: 63–86. (Highly cited paper) https://doi.org/10.3767/003158515X687597 9. Liu F, Cai L*, Crous PW, Damm U. 2014. The Colletotrichum gigasporum species complex. Persoonia, 33: 83–97. https://doi.org/10.3767/003158514X684447 10. Liu F, Damm U, Cai L*, Crous PW. 2013. Species of the Colletotrichum gloeosporioides complex associated with anthracnose diseases of Proteaceae. Fungal Diversity, 61: 89–105. https://doi.org/10.1007/s13225-013-0249-2
赵鹏（2014.10-今） 副研究员 研究方向：植物检疫性真菌系统学研究及检测技术研发 科研及工作经历 2021.10—至今 中国科学院微生物研究所，副研究员 2016.08—2021.09 中国科学院微生物研究所，助理研究员 2014.10—2016.07 中国科学院微生物研究所，博士后 2008.12—2014.03 日本筑波大学, 生物圈资源科学，博士 2004.09—2007.07 西北农林科技大学，森林保护学, 硕士 2000.09—2004.07 甘肃农业大学, 林学专业，本科 主持/参与科研项目： 1. 科技部重点研发计划，入境大宗原粮与林木防疫检测质量控制信息资源库构建研究， 2022YFF0608801，300万，2022/10-2025/12,（课题）主持。 2. 西藏自治区重点研发计划课题，西藏粮食主产区农田外来真菌入侵现状调查及检测技术研发，XZ202201ZY0011N，60万，执行期：2022/04-2025/04（课题）主持。 3. 国家自然科学基金面上项目, 植物病原真菌柱锈菌属（Cronartium）的系统学研究, 31670017, 60万，2017/01–2020/12，主持。 4. 中国科学院战略生物资源能力建设项目, 全球主要创新型国家生物衍生资源保护研究利用现状调研, KFJ-BRP-017-24, 20万，2020/01–2021/12，主持。 5. 中国科学院战略生物资源服务网络计划, 生物资源衍生库建设项目（三期）, KFJ-BRP-009, 留组190万元，2021/07–2025/06, 项目骨干。 6. 中国科学院战略生物资源服务网络计划, 生物资源衍生库建设项目（二期）, KFJ-BRP-009, 留组370万元，2018/07–2020/06 , 项目骨干。 7. 中国科学院战略生物资源服务网络计划, 生物资源衍生库建设项目（一期）, KFJ-BRP-009, 留组90万元，2016/11–2018/06, 项目骨干。 8. 科技部重点研发计划, 高频跨境寄生真菌高阶元多目标检测筛查技术研究, 2016YFF0203201, 350万元，2016/06–2021/06, 项目骨干。 9. 中国科学院战略性先导科技专项(A类)专题, 重要检疫与入侵真菌快速鉴定的DNA条形码数据平台建设, XDA1905030303, 75.43万元，2018/01–2022/12, 项目骨干。 10. 中国科学院重点部署项目, 国门入侵生物预防与控制技术—微生物快速鉴定技术与综合集成示范, KFZD-SW-208-06, 110万元，2017/01–2018/12, 项目骨干。 代表性文章 共发表论文43篇，其中一作/通讯论文22篇, 参与制定国家标准和行业标准12项，获得国家授权发明专利5项、软件著作权3项，标准物质2项。搭建植物检疫性菌物数据库（https://www.casbrc.org/pqfungi/）。发表真菌新科4个，新属5个，新物种52个，新组合13个。 1. Li X, Han SL, Zhang YY, Cai L, Zhao P*. 2023. Heteroverticillium phytelephatis gen. et sp. nov. intercepted from nuts of Phytelephas macrocarpa, with an updated phylogenetic assessment of Nectriaceae. Mycology, 14: 155–174. https://doi.org/10.1080/21501203.2023.2210603 2. Zhao P, Li Y, Li YJ, Liu F, Liang JM, Zhou X, Lei Cai L*. 2023. Applying early divergent characters in higher rank taxonomy of Melampsorineae (Basidiomycota, Pucciniales). Mycology, 14: 11–36. https://doi.org/10.1080/21501203.2022.2089262 3. Zhao P, Liu F, Huang JE, Zhou X, Qi XH, Duan WJ, Cai L*. 2022. Cronartium rust (Pucciniales, Cronartiaceae): species delineation, diversity and host alternation. Mycosphere, 2022. 13: 672–723. https://doi.org/10.5943/mycosphere/13/1/7 4. Zhao P, Zhang ZF, Hu DM, Tsui HM, Qi XH, Phurbu D, Gafforov Y, Cai L*. 2021. Contribution to rust flora in China I, tremendous diversity from natural reserves and parks. Fungal Diversity, 110: 1–58. https://doi.org/10.1007/s13225-021-00482-w 5. Zhao P, Crous PW, Hou LW, Duan WJ, Cai L, Ma ZY, Liu F*. 2021. Fungi of quarantine concern for China I: Dothideomycetes. Persoonia, 61: 45–105. https://doi.org/10.3767/persoonia.2021.47.02 6. Zhao P, Qi XH, Crous PW, Duan WJ, Cai L*. 2020. Gymnosporangium species on Malus: species delineation, diversity and host alternation. Persoonia, 45: 68–100. https://doi.org/10.3767/persoonia.2020.45.03 7. Zhao P, Kakishima M, Wang Q, Cai L*. 2017. Resolving the Melampsora epitea complex. Mycologia.. 109: 391–401. https://doi.org/10.1080/00275514.2017.1326791 8. 赵鹏, 段维军, 刘芳, 周欣, 范国梅, 马紫英, 蔡磊*. 2021. 我国植物检疫性菌物数据库平台的建设及应用. 微生物学报, 61: 3806–3819. https://doi.org/10.13343/j.cnki.wsxb.20210029
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| 梁俊敏（2015.07-今） 副研究员 研究方向：植物病原真菌基因组进化与群体遗传学 科研及工作经历 2022.10-今 中国科学院微生物研究所 副研究员 2015.07-2022.10 中国科学院微生物研究所 助理研究员 2012.08-2014.01 美国明尼苏达大学双城分校，联合培养博士 2009.09-2014.12 中国农业大学，农学博士学位 主持/参与科研项目 1. 国家自然基金面上项目，基于基因组SNPs的多堆柄锈菌传播路线及致病性分化研究，NSFC31972210，57万，2020/01-2023/12，主持。 2. 科技部科技基础资源调查专项，长江口以南沿海滩涂丝状真菌资源及多样性调查，2019FY10070，24.7万，2020/01-2023/12，子课题主持。 3. 国家自然科学青年基金项目，高卢蜜环菌群体遗传及地理起源研究，NSFC31600405，20万元，2017/01-2019/12，主持。 4. 真菌学国家重点实验室优秀青年基金，玉米南方锈病群体遗传和传播路线分析，SKLMQN201903，5万，2020/10-2021/10，主持。 5. 科技部基础资源调查专项，中国微生物模式菌株基因组资源调查及数据库建设，1055万元，2021FY100900，2021/09-2024/08，项目骨干。 6. “一带一路”国际科学组织联盟联合研究合作专项，重大跨国作物病害——玉米锈病的传播及致病性变异监测，140万元，ANSO-CR-KP-2022-07，2022/12-2025/11，项目骨干。 7. 科技部对发展中国家科技援助项目，中泰微生物技术联合实验室，182万元，KY201701011，2018/01-2020/12，项目骨干。
代表性文章 共发表学术论文24篇，其中一作/通讯10篇，参编著作2部，荣获“未来之星”曾士迈张树臻院士奖（2017），农业部农业技术推广成果奖二等奖（13/25），第九届大北农科技成果二等奖（排名6/13），任植物病理学会流行专业委员会委员。 1. Liang JM. Li YJ, Dodds PN, Figueroa M, Sperschneider J, Han SL, Tsui CKM, Zhang KY, Li LF, Ma ZH, Cai L*. 2023. Haplotype-phased and chromosome-level assembly of Puccinia polysora, a giga-scale fungal pathogen causing southern corn rust. Molecular Ecology Resources, 23: 601–620. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13739 2. Liang JM*, Pecoraro L, Cai L, Yuan ZL, Zhao P, Tsui KMC, Zhang ZF. 2021. Phylogenetic Relationships, Speciation, and Origin of Armillaria in the Northern Hemisphere: A Lesson Based on rRNA and Elongation Factor 1-Alpha. Journal of Fungi. 7: 1088. https://doi.org/10.3390/jof7121088 3. Liang JM, Li GS, Hou LW, Zhao MQ, Cai L*.2021. Leptosphaerulina species isolated from golf turfgrass in China with description of L. macrospora sp. nov. Mycologia, 113: 956–967. https://doi.org/10.1080/00275514.2021.1923298 4. Liang JM, Liu XF, Tusi CKM, Ma ZH, Luo Y*. 2021. Genetic structure and asymmetric migration of wheat stripe rust pathogen in western epidemic areas of China. Phytopathology, 111: 1252–1260. https://doi.org/10.1094/PHYTO-06-20-0236-R 5. Liang JM, Li GS, Zhao MQ*, Cai L*. 2019. A new leaf blight disease of turfgrasses caused by Microdochium poae sp. nov. Mycologia, 111: 265–273. https://doi.org/10.1080/00275514.2019.1569417 6. Liang JM#, Li GS#, Zhou SY, Zhao MQ*, Cai L*. 2019. Myrothecium-like new species from trufgrasses and associated rhizosphere. MycoKeys, 51: 29–53. https://doi.org/10.1080/00275514.2019.1569417 7. Liang JM, Liu XF, Li Y, Wan Q, Ma ZH*, Luo Y*. 2016. Population genetic structure and migration of Puccinia striiformis f. sp. tritici between Gansu and Sichuan Basin populations of China, Phytopathology, 106: 192–201. https://doi.org/10.1094/PHYTO-03-15-0081-R 8. Liang JM, Lofgren L, Ma ZH, Ward TJ, Kistler HC. 2015. Population subdivision of Fusarium graminearum from Barley and Wheat in the Upper Midwestern United States at the turn of the century. Phytopathology, 105: 1466–1474. https://10.1094/PHYTO-01-15-0021-R 9. Liang JM, Herry H, Broz K, Dong YH, McCormick SP, Abramova S, Ward TJ, Ma ZH, Kistler HC. 2014. Temporal and spatial dynamics of Fusarium graminearum populations in Midwestern United States. Fungal Genetic and Biology, 73: 83–92. https://10.1016/j.fgb.2014.10.002 10. Liang JM#, Wan Q#, Luo Y*, Ma ZH*. 2013. Population genetic structures of Puccinia striiformis in Ningxia and Gansu of China. Plant Disease, 97: 501–509. https://doi.org/10.3390/genes12111712 周欣（2020.09-今） 特别研究助理 研究方向：植物抗病微生物组学与人工合成菌群构建
科研及工作经历 2020.09-今 中国科学院微生物研究所 特别研究助理 2016.03-2017.03 加拿大农业与食品部-渥太华研究发展中心，联合培养博士 2014.09-2020.08 中国科学院大学，理学博士学位 2010.09-2014.07 东北林业大学，理学学士学位 主持及参与科研项目： 1. 国家自然基金青年项目，基于培养组学挖掘番茄根际真菌多样性及抗枯萎病合成菌群的构建，NSFC32300009，30万，2024/01-2026/12，主持。 2. 内蒙古自治区中央引导地方专项，根际微生物调控玉米和大豆耐盐碱的功能和机制研究，2022ZY0032，10万，2022/08-2024/08，主持。 3. 真菌学国家重点实验室优秀青年基金，番茄根际菌群抑制枯萎病的效果及其调控机制，SKLMQN202101，5万，2021/04-2022/04，主持。
代表性文章 1. Zhou WQ#, Zhou X#, Cai L, Jiang Q, Zhang R*. 2023. Temporal and Habitat Dynamics of Soil Fungal Diversity in Gravel-Sand Mulching Watermelon Fields in the Semi-Arid Loess Plateau of China; Microbiology Spectrum, 1,1: e03150-22. https://doi.org/10.1128/spectrum.03150-22 2. Zhou X, Wang J, Liu F, Liang J, Zhao P, Tsui CK, Cai L*. 2022. Cross-kingdom synthetic microbiota supports tomato suppression of Fusarium wilt disease; Nature Communications, 13: 7890. https://doi.org/10.1038/s41467-022-35452-6 3. Zhou X, Zhang HL, Lu XW, Zhao P, Liu F, Qi ZH, Tang F, Cai L*. 2022. Applying meta-data of soybean grain in origin trace and quarantine inspection; Food Research International, 162: 111998. https://doi.org/10.1016/j.foodres.2022.111998 4. Qi ZH#, Zhou X#, Tian L, Zhang HY, Cai L*, Tang F*. 2022. Distribution and characteristics of mycotoxin-producing fungal taxa across major rice production areas of China; Food Control, 134: 108572 https://doi.org/10.1016/j.foodcont.2021.108572 5. Qi ZH#, Zhou X#, Tian L, Zhang HY, Cai L*, Tang F*. 2022. Temporal and spatial variation of microbial communities in stored rice grains from two major depots in China; Food Research International, 152: 110876. https://doi.org/10.1016/j.foodres.2021.110876 6. Zhou X, Wang JT, Wang WH, Tsui KM, Cai L*. 2021. Changes in bacterial and fungal microbiomes associated with tomatoes of healthy and infected by Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici; Microbial Ecology, 81: 1004-1017. https://doi.org/10.1007/s00248-020-01535-4 7. Zhou X, Wang JT, Zhang ZF, Li W, Chen W*, Cai L*. Microbiota in the rhizosphere and seed of rice from China, with reference to their transmission and biogeography, Frontiers in Microbiology, 11: 995. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.00995 8. 周欣#，李盟#，马紫英，祁智慧，黄君恩，蔡磊*. 运用可培养组技术开展难培养真菌的分离和鉴定; 2021. Bio-101; e2003703. https://doi.org/10.21769/BioProtoc.2003703 9. 周欣，马紫英，祁智慧，刘永鑫，蔡磊*. 基于扩增子数据的系统发育树的构建和展示，2021. Bio-101; e2003730. https://doi.org/10.21769/BioProtoc.2003730 | |
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