基因组学与生物信息学研究组

个人简介：
        吴琦，博士，项目研究员，博导。主要开展基于组学数据的生物信息学研究，尤其关注组学技术和方法进步的生物学理论意义。承担和参与国家自然科学基金委面上项目、重大研究计划等项目。以（并列）第一或通讯作者在 Science, Nature Genetics, PNAS, Science China Life Sciences等刊物发表论文20余篇。

研究兴趣：
        组学技术和方法进步的理论意义，指的是从组学数据全局性特征出发的思考方式会对现有的从基因出发的理论框架带来怎样的变化。一方面，需要对基于整个序列全局性统计特征的数学和统计学分析建立新方法；另一方面，这些基于序列全局特征的新方法所得到的序列信息的生物学意义如何。现有的组学方法理论意义的探讨主要关注三个话题：系统发育，性状决定（遗传分析）和演化方程。首先，在以“非序列联配分析方法”的方向上，对基因组全局性特征中所包含的系统发育信息的研究已经有很长的研究历史。其次，如果序列的全局性特征可以记录序列的遗传信息，那么其中是否包含性状决定的遗传信息。如果是的话，就可以开发针对这类信息进行遗传分析的方法。具体地说，以序列整体统计特征而不是SNP这样的局部变异作为独立变量，以各种不同进化尺度上的表型变异为表型变量，通过统计回归找到两者之间的统计关系乃至因果关系。最后一个方面，组学的统计特征分析可以把序列数据转换为可计算的数值化数据，这为演化方程的建立和验证提供了条件。这样，是否可以建立一个基于物理和信息理论体系的关于生命演化的形式化的方程，从而实现将遗传信息与时间，能量，统一考虑的演化框架。就成为一个值得探索而且可以探索的问题。

欢迎有概率论和数理统计基础的生物信息学的学生报考，加入我们的团队~

教育经历：
1996-2000 河北大学 生命科学学院 微生物学专业，学士；
2000-2006 复旦大学 生命科学学院 遗传学专业，博士（硕博连读）

工作经历：
2006-2008 复旦大学 生物医学研究院 博士后；
2008-2009 复旦大学遗传工程国家重点实验室 研究助理；
2009-2018 中国科学院动物研究所 助理研究员、副研究员；
2018-至今 中国科学院微生物研究所 研究员。

代表性论文：
Shuai Liu, Shaojun Pei, Qi Wu*. (2019) Assessment of Kmer Degeneration Method for Complicated Genomes. Communications in Information and Systems. (Accepted in Nov. 2018)

Wei Wu#, Mengjie Zhang#, Lifeng Zhu*, Qi Wu*. (2018) Construction and discussion of whole-genome phylogeny of mammals by alignment-free method. Acta Theriologica Sinica. 38(2):174-182.

Qi Wu#, Xiao Wang#, Yun Ding, Yibo Hu, Yonggang Nie, et al. (2017) Seasonal variation in nutrient utilization shapes gut microbiome structure and function in wild giant pandas. Proceedings of the Royal Society B. 284(1862): 20170955.

Qi Wu, Yadi Wang, Yun Ding, Shuai Ma, Zongmin Wu*, Fuwen Wei* (2017) A natural communication system on genome evolution. Science China Life Sciences. 60(4), 432-435.

Yibo Hu#, Qi Wu#, Shuai Ma, Tianxiao Ma, Lei Shan, et al. (2017) Comparative genomics reveals convergent evolution between the bamboo-eating giant and red pandas. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 114(5):1081-1086.

Yonggang Nie#, John R. Speakman#, Qi Wu#, Chenglin Zhang, Yibo Hu, et al. (2015) Exceptionally low daily energy expenditure in the bamboo-eating giant panda. Science. 349(6244):171-174.

Qi Wu, Pingping Zheng, Yibu Hu & Fuwen Wei* (2014) Genome-scale analysis of demographic history and adaptive selection. Protein & Cell. 5(2):99-112.

Shancen Zhao#, Pingping Zheng#, Shanshan Dong#, Xiangjiang Zhan#, Qi Wu#, et al. (2013) Whole-genome sequencing of giant pandas provides insights into demographic history and local adaptation. Nature Genetics. 45(1):67-U99.

Lifeng Zhu#, Qi Wu#, Jiayin Dai, Shanning Zhang, Fuwen Wei* (2011) Evidence of cellulose metabolism by the giant panda gut microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. 108(43):17714-17719.

Qi Wu, Xiuting Gu, Yu Wang, Nan Li, Xianghua Liu, et al. (2006) Neurotransmitter inactivation is important for the origin of nerve system in animal early evolution: A suggestion from genomic comparison. Progress in Neurobiology. 78(6): 390-395.